R程序中的vegan软件包实现了Canoco 5中可用的大多数方法以及其他一些方法。但是由于R是一个开放系统，vegan中缺少的Canoco方法可以在其他与vegan相关或无关的软件包中找到。但是，R环境主要是面向命令的，并且要导入数据，执行分析或创建简单的顺序图，则需要调用函数的命令，通常需要一组复杂的函数参数才能正确选择。我们认为R环境对于以统计学为导向的生态学家而言是极佳的，但是对于专注于其研究主题的研究人员而言，在R环境中使用vegan具有陡峭的学习曲线，对于在野外或实验室工作较长时间后评估他们的数据的人来说，这必须反复提升学习。 Rcmdr程序包中有一个相对用户友好的界面，它与diversityR程序包结合提供了一些vegan的多变量方法，但仅适用于一小部分，不包括所有高级方法和高级选项。